Aunque las cobayas son unos animales muy limpios que raramente van a oler mal o a ensuciarse demasiado, sí es conveniente bañarlos de vez en cuando, con una periodicidad que puede variar entre los dos y los cuatro meses, dependiendo de la suciedad en el pelaje que acumule el animal. No debemos bañarlo más a menudo, ya que en ese caso corremos el riesgo de que pierda la protección natural de su pelaje.
Antes de bañarlo debemos tomar la temperatura al agua y asegurarnos de que no queme, para que la experiencia del baño no disguste al animal. Lo mejor es utilizar agua tibia tirando hacia caliente. Cuando lo introduzcamos en el agua, el animal se podrá muy nervioso, se moverá constantemente e intentará escapar. Debemos entonces tranquilizarlo, acariciándole y hablándole suavemente, para que el animal se tranquilice y pierda el miedo al baño.
Para el baño utilizaremos jabón, echando una pequeña cantidad en el agua y otra en la mano para frotarlo. Es importante cuidar de que durante el baño no le entre el jabón en los ojos y en las orejas. SI no estamos muy seguros de lograrlo, lo mejor es evitar la zona de la cabeza y limitarnos a bañarle el cuerpo. Lo mejor es utilizar un champú para roedores, para de ese modo no irritar su piel.
Es importante que la habitación en la que lo bañemos esté caldeada y no haya corrientes de aire, ya que los cobayas son animales muy sensibles al frío, y si la temperatura no es la adecuada podemos poner en peligro su salud.
Finalmente, después del baño es necesario que le sequemos, primero con una toalla para eliminar totalmente la humedad del pelaje y después utilizaremos el secador, aunque siempre a baja temperatura y potencia para evitar que el animal se asuste o producirle alguna quemadura.